核糖RNA的化学修饰通过FUBP1蛋白调控基因剪接

RNA修饰在调控RNA加工、代谢和功能中起关键作用。2'-O-甲基化（Nm）是最丰富的RNA修饰之一，存在于多种RNA中，参与核糖体生成、基因表达等过程，但Nm能否被蛋白质识别（即“阅读器”蛋白）尚不清楚。本研究旨在鉴定Nm结合蛋白并探索其功能。

研究人员通过RNA亲和纯化结合质谱技术，从HepG2细胞中筛选出可能的Nm结合蛋白，发现FUBP1等蛋白在Nm修饰RNA探针上富集。电泳迁移率变动分析（EMSA）证实FUBP1能直接结合Nm修饰的RNA，且通过光交联免疫沉淀测序（PAR-CLIP）发现FUBP1结合位点在已知Nm位点附近富集，尤其偏好内含子区域，支持FUBP1是Nm结合蛋白。

为探究Nm的核内功能，研究人员对染色质相关RNA（caRNA，即与染色质结合的RNA）进行Nm位点测序（Nm-mut-seq），鉴定出5575个caRNA Nm位点，其中过半位于蛋白编码基因的内含子中，且在内含子的5'和3'剪接位点附近富集，提示Nm可能参与剪接调控。进一步实验显示，敲低Nm甲基转移酶FBL或负责Nm安装的小核仁RNA U3后，外显子跳跃（SE）事件显著增加，表明Nm能抑制外显子跳跃。

最后，研究发现FUBP1与caRNA的Nm位点高度重叠，敲低FBL（减少Nm）会降低FUBP1在这些位点的结合。而敲低FUBP1后，Nm修饰基因的外显子跳跃事件明显增多，证明FUBP1介导了Nm依赖的剪接调控。

综上，本研究首次鉴定出FUBP1作为Nm结合蛋白，并揭示了Nm通过FUBP1调控RNA剪接的核内新功能，为理解RNA修饰的多样化作用提供了新视角。