开源蛋白质结构AI挑战AlphaFold

今日，科学家发布了一款可预测蛋白质3D结构的新型开源人工智能（AI）模型的“预览版”，并称其性能已接近谷歌DeepMind公司革命性的蛋白质折叠AI AlphaFold3。该系统名为OpenFold3，由总部位于加利福尼亚州戴维斯市的OpenFold联盟开发，该联盟是一个由学术和私营研究团体组成的非营利合作组织。OpenFold3利用蛋白质的氨基酸序列来绘制其3D结构，并模拟它们与药物或DNA等其他分子的相互作用。该工具虽尚未具备与AlphaFold3完全相同的功能，但联盟执行委员会主席、马萨诸塞州波士顿Psivant Therapeutics公司首席创新官伍迪·谢尔曼表示：“我们希望尽快为社区提供一些成果。”团队希望在预览版发布后利用研究者的反馈来改进模型。该系统的训练数据包括超过30万个分子结构以及一个包含超过4000万个结构的合成数据库，目前开发成本已达1700万美元。与仅供受限学术使用的AlphaFold3不同，任何研究者或制药公司都可使用OpenFold3。谢尔曼称：“在AI结构生物学工具民主化方面，这是一大步。”预览版向研究者共享了OpenFold3的代码，允许他们开始使用和测试。谢尔曼表示，联盟团队仍在对系统进行技术改进，并计划在未来几个月内发布完整版。“我们已非常接近——而且我们认为，通过这最后一点努力，我们将完全达到同等水平，”他说，“这让人们有机会体验OpenFold3，开始将其整合到工作流程中、开发工具并提供反馈。”田纳西州纳什维尔范德比尔特大学的计算结构生物学家斯蒂芬妮·万科维奇表示：“我很兴奋能测试OpenFold3，看看它与现有模型相比如何。”OpenFold3是开发AlphaFold3开源版本这一更大努力的一部分。这些努力始于2024年5月，当时伦敦的谷歌DeepMind公司推出了AlphaFold3，但最初并未分享其底层代码。研究者们对这家私营公司的决定提出了批评——后来在2024年11月，DeepMind向学术界开放了AlphaFold3的代码和模型权重（即AI模型中的所有可训练参数），但它们仍未对商业用途开放。