拟南芥中TSN1蛋白与RNA相互作用的高清图谱

RNA结合蛋白是调控RNA生命周期的重要蛋白质，影响植物的生理过程、生长发育和应激反应。这些蛋白需要直接结合RNA才能发挥作用，因此确定它们在活细胞内结合的RNA靶标和结合模式，是理解其调控功能的关键。本文以拟南芥中的TSN1蛋白为研究对象，TSN1全称为TUDOR STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE 1，此前已知它与植物胁迫颗粒的形成有关；胁迫颗粒可以理解为植物细胞在受到压力时形成的一种暂时储存RNA和蛋白质的结构。研究者采用改进的iCLIP2技术，对TSN1在全转录组范围内的RNA结合位点进行高分辨率定位。iCLIP2技术可以把蛋白与RNA在细胞内固定在一起，再通过免疫沉淀和测序找到具体结合位点。结果显示，TSN1共有1504个直接RNA靶标，其中主要是编码蛋白的转录本。序列基序分析发现，这些结合位点附近富集三类共同序列模式，分别是富含U、富含A和富含G/U的基序。靶标功能注释表明，与代谢过程相关的RNA明显富集，包括光合作用相关转录本，同时还富集参与植物免疫反应的激素通路相关RNA。这些数据提供了TSN1在正常、非胁迫生长条件下的基础RNA互作图谱，相当于给研究领域一份高分辨率资源，有助于进一步理解TSN1在植物代谢、免疫和RNA调控中的作用。